français
Onderzoekers van de universiteit van Cambridge (Verenigd Koninkrijk) zijn erin geslaagd om via Phylogenetic Network Analysis de oorsprong te retraceren van de verschillende COVID-19-stammen die vanaf december vorige jaar de hele wereld hebben gekoloniseerd. Volgens hun studie zou de eerste besmetting in Europa zich in Duitsland hebben voorgedaan rond 27 januari en zou het virus enerzijds van daaruit en anderzijds vanuit Singapore naar Italië zijn verspreid. Verder blijken er drie clusters te zijn van het virus, met een A-, een B- en een C-variant.
Voor hun onderzoek bekeken de vorsers het volledige genoom van 160 virussen afkomstig van patiënten wereldwijd en vergeleken ze al die genomen met elkaar en met het genoom van het originele coronavirus bij de vleermuizen, waarvan verondersteld wordt dat het ergens op een markt in Wuhan iemand als eerste zou hebben besmet.
Uit het onderzoek bleek inderdaad dat de A-variant in Wuhan aanwezig was, maar ook dat hij er eigenaardig genoeg niet voor het grootste aantal infecties heeft gezorgd. Die eer was weggelegd voor de B-variant, met clusters in de provincie Wuhan en in de rest van Azië. De variant die zich in Europa verspreidt is de C-variant, die eerst opdook in Singapore, Hong Kong en Zuid-Korea. Het onderzoek geeft aan dat de allereerste Europese besmetting, in Duitsland, een besmetting was met de C-variant, maar dat in Italië sprake is van een tweede besmettingsroute vanuit Singapore, met dezelfde gemuteerde C-variant.
De A-variant staat het dichtst bij het originele virus dat bij vleermuizen wordt aangetroffen. Afstammelingen van die cluster werden aangetroffen bij Amerikaanse patiënten die in Wuhan hadden verbleven. De B-variant was in Azië de meest succesvolle, maar die doet het dan weer helemaal niet goed bij de Europese bevolking. Volgens de onderzoekers is het waarschijnlijk dat het virus muteerde naar een C-variant, omdat het op de grenzen botste van zijn mogelijke verspreiding vanuit Azië, misschien zelfs omwille van een latente resistentie tegen de variant bij populaties elders in de wereld.
“Het gebruik van fylogenetische technieken om netwerken te recontrueren is common practice in microbiologosch onderzoek”, zegt professor Denis Piérard, microbioloog aan het UZ Brussel. “Ze maken gebruik van mathematische modellen om de genetische afstand tussen de verschillende clusters te berekenen. Uit het Britse onderzoek blijkt onder andere dat het originele virus bij de vleermuis genetisch toch al redelijk verwijderd is van de variant die in China rond ging.”
Alle virusstalen werden afgenomen tussen 24 december 2019 en 4 maart 2020. “Het virale netwerk dat we door onze studie konden recontrueren is eigenlijk een snapshot van de vroege fase in de epidemie”, zegt hoofdauteur van de studie, geneticus Dr. Peter Forster. “Het geeft een goed beeld van de vroege mutaties, een beeld dat door de vele te nog te verwachten mutaties van het virus niet lang zo helder zal blijven.”
Het team van Forster werkt nu tegen de klok om zoveel mogelijk bijkomende genomen te analyseren. Uit voorlopige resultaten van dat verdere onderzoek zou onder meer blijken dat de eerste besmetting in China misschien al in september plaatsvond, met zekerheid tussen midden september en begin december”, aldus de onderzoeker.
“Misschien zal het mogelijk zijn om met de Britse modellen min of meer te voorspellen waar eventuele nieuwe uitbraken zich zullen voordoen”, hoopt Piérard.
Het onderzoek van de universteit van Cambrigde werd gepubliceerd in Proceedings of the National Academy of Sciences